Với hình thức là một công ty cổ phần , Công ty cổ phần Vật tư nông nghiệp Thái Nguyên được tổ chức tương đối chặt chẽ và quy mô bao gồm: Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc, Phó tổng giám đốc và các phòng ban liên quan.
- Đại hội đồng cổ đông là cơ quan quyết định cao nhất của công ty, thường họp mỗi năm một lần.
- Hội đồng quản trị (HĐQT) là cơ quan có toàn quyền nhân danh công ty để quyết định, thực hiện các quyền và nghĩa vụ của công ty không thuộc thẩm quyền của Đại hội đồng cổ đông.
- Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng giám đốc là ông Đỗ Xuân Hiền - Là người đại diện theo pháp luật của công ty, có toàn quyền nhân danh công ty đưa ra các quyết định, chịu trách nhiệm toàn bộ những hoạt động của công ty. Ông cũng là người quyết định hầu hết mọi hoạt động và chiến lược kinh doanh, điều hành và giám sát mọi hoạt động của các phòng ban trong công ty.
- Phó Tổng Giám đốc là ông Ngô Văn Mai - người điều hành trực tiếp các mảng công việc được Tổng giám đốc phân công và ủy quyền; hỗ trợ Tổng giám đốc trong một số công việc kinh doanh của công ty; điều hành doanh nghiêp thay TGĐ khi TGĐ đi vắng hoặc được ủy quyền.
- Kế toán trưởng là ông Chu Huy Túc.có quyền hạn và trách nhiệm như sau:
+ Tham mưu giúp TGĐ Công ty thực hiên nhiệm vụ mà HĐQT giao theo quy định của Điều lệ Công ty.
+ Kiểm tra giám sát việc chấp hành các chính sách kinh tế tài chính và chế độ kế toán trong doanh nghiệp.
+ Có nhiệm vụ tổ chức lãnh đạo bộ phận kế toán thống kê trong doanh nghiệp thực hiện tốt các hoạt động tài chính của Công ty theo luật định.
+ Tổng hợp, phân tích tình hình kinh tế tài chính trong Công ty một cách thường xuyên đảm bảo phục vụ cho công tác điều hành của TGĐ, đồng thời xây dựng các quy định về quản lý tài chính trong doanh nghiệp trình HĐQT hoặc TGĐ ban hành.
- Công ty có 4 phòng ban chính, các bộ phận này có nhiệm vụ hợp tác, hỗ trợ lẫn nhau. Nhìn chung cơ cấu tổ chức này khá phù hợp với quy mô và đặc điểm kinh doanh của công ty.
+ Phòng tổ chức hành chính: Có chức năng tham mưu và giúp lãnh đạo thực hiện công tác tổ chức, cán bộ, bảo vệ chính trị nội bộ, đảm nhiệm công tác hành chính – tổng hợp, văn thư - lưu trữ, phụ trách công tác thi đua, khen thưởng, kỷ luật. Thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát, pháp chế theo quy định hiện hành.
+ Phòng kế hoạch thị trường: Có chức năng tham mưu, giúp việc cho Tổng Giám đốc về lĩnh vực thị trường và kế hoạch sản xuất kinh doanh như xây dựng và triển khai thực hiện công tác marketing, phát triển thị trường trong toàn công ty, chủ trì thực hiện việc thẩm định kế hoạch dài hạn, ngắn hạn và hàng năm của các đơn vị trong công ty. Xây dựng định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí, giá sản phẩm, dịch vụ đầu vào, đầu ra của các đơn vị trong công ty, tổ chức công tác truyền thông, quảng bá thương hiệu...
+ Phòng kế toán tài vụ: Có chức năng tham mưu cho Hội đồng quản trị và Tổng Giám đốc công ty trong lĩnh vực tài chính - kế toán - thống kê và tín dụng của công ty. Kiểm soát bằng đồng tiền các hoạt động kinh tế trong công ty theo các quy định về quản lý kinh tế của Nhà nước và của công ty, quản lý chi phí của công ty, thực hiện công tác thanh tra tài chính các đơn vị trực thuộc công ty…
+ Phòng kiểm tra nội bộ: Có chức năng kiểm tra, phát hiện ra những sai sót trong hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, giữ vai trò là người tư vấn và định hướng cho Ban tổng giám đốc và Hội đồng quản trị về kiểm soát rủi ro, phân tích, kiểm tra, giám sát quy trình hoạt động của các phòng ban trong bộ máy kinh doanh, kiểm toán nội bộ sẽ đưa ra những lời tư vấn giúp công ty hoạt động năng suất và hiệu quả hơn.
- Các đơn vị trực thuộc công ty gồm 9 Chi nhánh trực thuộc và các công ty cổ phần thành viên.
+ Các Chi nhánh vật tư nông nghiệp có trụ sở tại các huyện, thành, thị: Có nhiệm vụ tiếp nhận và tổ chức bán lẻ phân bón, giống cây lương thực, thuốc bảo vệ thực vật phục vụ nông nghiệp và phát triển nông thôn trên địa bàn theo kế hoạch hàng năm công ty giao; Có trụ sở và có con dấu riêng, được mở tài khoản tại ngân hàng, được vay vốn kinh doanh theo ủy quyền và phân cấp của Công ty; Hoạt động theo Luật và điều lệ công ty, tự chịu trách nhiệm về kết quả kinh doanh của đơn vị mình. Bộ máy của Chi nhánh gồm Giám đốc, Phó giám đốc, Kế toán chính và các nhân viên.
+ Các Công ty cổ phần thành viên có trụ sở và có con dấu riêng, được mở tài khoản tại ngân hàng; Hoạt động theo Luật, điều lệ của Công ty đó và điều lệ Công ty mẹ, tự chịu trách nhiệm về kết quả kinh doanh của đơn vị mình. Bộ máy của Công ty cổ phần thành viên theo quy định của pháp luật bao gồm Đại hội đồng cổ đông; Hội đồng quản trị; Giám đốc, Phó Giám đốc; Kế toán trưởng và các nhân viên.